สถานการณ์น้ำเน่าเสียในแม่น้ำเจ้าพระยามีความรุนแรงมาก สาเหตุเกิดจากความเสื่อมโทรมที่สะสมมายาวนาน และความสามารถในการบำบัดน้ำเสียไม่เพียงพอกับปริมาณน้ำเสียที่เกิดขึ้นในแต่ละวัน นอกจากนี้ยังพบว่าท่อบำบัดน้ำเสียมีถุงพลาสติกและเศษอาหารเป็นจำนวนมาก จึงกลายเป็นภาระของระบบบำบัดน้ำเสียที่ต้องเสียเวลามากำจัดขยะอื่น ๆ ที่ไม่ใช่น้ำเสียโดยตรง ทำให้เกิดค่าใช้จ่ายสูงขึ้น จากการสำรวจน้ำเสียบริเวณแหล่งน้ำจืด แหล่งน้ำสำคัญและแม่น้ำสายต่าง ๆ ทั่วประเทศ ๕๒ แห่ง ของกรมควบคุมมลพิษในช่วงปีหลัง พบว่ามีแม่น้ำอยู่ในขั้นเสื่อมโทรม ๑๑ แห่ง ทั้งนี้ จุดเกิดน้ำเสียและเสื่อมโทรมมากที่สุดแห่งหนึ่งคือแม่น้ำเจ้าพระยาก่อนลงสู่อ่าวไทยที่เกิดความเสื่อมโทรมหนักสุดสะสมมายาวนานและยังแก้ไม่ได้